Bom… chefe é chefe né?
Pelo que vc disse, já existe uma aplicação que consegue fabricar txt e xls com cerca de 1 milhão de registros.
Agora o q houve depois eu não pesquei, qual dos dois casos aconteceu?
(1) Ela conseguiria em teoria exportar tudo, mas quando vc tentou teve problemas com o Excel
(2) Ela realmente só exporta um milhão e vc teria que fabricar uma rotina nova para exportar o troço todo
No primeiro caso, fica muito complicado, afinal é uma limitação do próprio Excel, seria o caso de chamar o suporte da microsoft (caso não seja pirata, é claro), inquirindo porque você não pode inserir meros 2 milhões de registros.
No segundo caso, se a rotina original for em java vc pode modificá-la com algum trabalho, se não, deverá utilizar o Jakarta-POI para criar e popular um arquivo Excel.
Espero ter ajudado…
Um grande abraço!