Fazer debug de projeto java antigo....bem antigo

Bom dia pessoal, a tempos venho sofrendo e passando raiva com uns projetos bem antigos a qual estou trabalhando, existe alguns projetos que possuem algumas classes que data de uns 15 anos de idade, o problema que a estrutura do projeto se encontre de uma forma que o eclipse não consegue add o arquivo no tomcat para realizar o debug, aqui o pessoal nem sabe oque é um .war, a maneira a qual o projeto é rodade e colocando essa pasta(imagem) na webapps do tomcat e iniciando o tomcat manualmente fora do eclipse, existe alguma maneira de poder iniciar esse projeto dentro do eclipse e poder realizar debug?

O eclipse não precisa adicionar os arquivos ao tomcat para debugar, caso contrário, ele não debugaria java desktop ou aplicações batch do java, não concorda?
O requisito para o eclipse debugar é que você tenha um projeto eclipse.
Se esse projeto não é eclipse, você pode, então, transformar o mesmo, criando um novo projeto a partir de código existente, isso pode ser feito, inclusive, com projetos que são rodados a partir do ant.
Precisamos de mais detalhes para ajudar nessa questão.

Esse print parece que está mostrando apenas os arquivos correspondentes à parte web. E o código java?

Obrigado @darlan_machado , já estava ciente que a estrutura do projeto não é do eclipse, eu estava procurando outra forma, infelizmente não vai ter como transformar esse projeto num projeto eclipse, agradeço pela resposta.

E por que não? Seja como eclipse ou não, ele deve funcionar.

Aparentemente ele já é, pois na imagem que você postou há um arquivo .classpath e um .project

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Em princípio basta você configurar do TomCat na aba Servers do eclipse e aí iniciá-lo em modo de debug.

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OPa starpski, o projeto não é reconhecido pelo tomcat, não adiciona por isso não consigo fazer debug quando preciso.

Para ser reconhecido pelo tomcat, vc precisa configurar o facet do projeto como web. (propriedades do projeto > facets)