Fechar de verdade as conexões

Meu programa java com base de dados no hsqldb, ao ser encerrado e ser iniciado imediatamente, não consegue mais acessar o banco, porque “outro processo bloqueou o banco de dados, etc…”.

Como fechar de vez a conexão, o statement, o resultset?
No método windowClosing eu fecho todas as conexões, mas mesmo assim a base de dados não pode ser acessada se eu reiniciar o programa imediatamente.

http://www.hsqldb.org/doc/guide/ch09.html#shutdown-section