Tenho uma aplicação que emite algumas confirmações via JOptionPane pro usuário, eu gostaria de quando emitisse essa mensagem após uns 3 segundos a janela fechasse, é possivel?
Crie uma classe derivada de JDialog que faça isso.
Vocë deve ser a 123a. pessoa que pergunta como torcer um JOptionPane para que faça uma coisa para a qual essa classe não está preparada.
Olhe a documentação de JOptionPane:
http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/javax/swing/JOptionPane.html
Não há nenhum parametro de timeout, ou coisa parecida.