Ferramenta de deploy

Olá pessoal, como vão?
Gostaria de saber uma boa forma de manter as publicação de conteúdos.
Mas deixa explicar melhor o que eu quero.
Vamos dizer que eu esteja desenvolvendo uma aplicação web, eclipse/jsf/tmcat, quando termino a aplicação exporto para um arquivo war e feço o deploy da aplicação. Ate ai tranqüilo. A questão é que depois que a versão subiu as alterações ficam um pouco complicadas. Pois a cada alteração tenho que ficar navegando por diretórios, sobrescrevendo pastas e arquivos.
Como poderia tornar esse processo mais produtivo?

Grato a todos.