Estou entrando nessa área de flex + java, já fiz várias pesquisas, mas não se encontra uma comunidade muito ativa nesses dois JUNTOS, então o que se acha é blogs interessantes, mas alguns antigos e sem atualização.
O que tem sido utilizado, ou é o melhor caminho a seguir pra integrar java e flex?
BlazeDS…
Qual melhor/efeciente maneira de comunicação?
HTTP Service, RemoteObject, WebService…
O mais usado é o BlazeDS. Agora, para saber qual o melhor caminho a usar para integrar java com flex vai depender (em analise muita coisa depende 
) do seu tipo de problema.
Como você já exemplificou o flex tem três maneiras de fazer comunicação com JAVA, sendo RemoteObject (BlazeDS e LiveCicleDS estão nesta categoria), WebService e HttpService. O BlazeDS permite fazer RPC (remote procedure calls) para o servidor Java através do protocolo AMF3 (parecido com SOAP) .
Isso que dizer que você vai ter no cliente flex uma classe esqueleto que ao chamar um método dessa classe você chamará o método remoto no servidor. Maravilhoso, porém deve-se levar em consideração o volume de dados que estará trafegando. De-repente pode não ser uma boa opção. É como eu disse, cada caso é um caso e quando se fala em projeto vem aquela velha palavra “depende”.
Abraço.