For com muitas repetições

Sua lógica só tem dois erros pequenos: for (int i = 0; i < list.size(); i++) e if (i >= next), mas isso não é razão pra gerar apenas 4 arquivos. Aliás, não sei o que acontece dentro do this.getExportFile(), mas se for sempre o mesmo arquivo ou String, era pra estar gerando apenas 1 e não 4 arquivos, e este 1 só teria as últimas 1000 linhas.
Acredito que o erro esteja aí.
Vou dar outra opção de lógica:

Iterator<SeuBean> iter = list.iterator(); while (iter.hasNext()) { writer = new BufferedWriter(new FileWriter(this.getExportFile())); for (int i = 0; i < linhas; i++) { writer.write(iter.next().getDoc_ref_no()); writer.newLine(); } writer.flush(); writer.close(); }Lebrando que provalvemente o problema deve estar em this.getExportFile().

ozix,

Ficou muito loko essa lógica ai cara vlw, só que continuo com o problema, eu consigo resolver fazendo isso aqui.
Não sei pq acontece acho que ele está criando outro arquivo antes de fechar o outro, não sei pq isso acontece

while (iterator.hasNext())
			{
				Thread.sleep(1);
				writer = new BufferedWriter(new FileWriter(this.getExportFile()));

				for (int i = 0; i < linhas; i++)
				{
					writer.write(iterator.next().getDoc_ref_no());
					writer.newLine();
				}
				
				writer.flush();
				writer.close();
			}