Um tempo atrás, tentei utilizar o eclipse porém encontrei problemas na formatação de jsp. Sem achar uma solução definitiva, resolvi ignorar e continuar utilizando o netbeans.
Durante o final de semana, resolvi baixar e atualizar o eclipse ganymede novamente, porém o problema persiste.
O eclipse pega um arquivo bem indentado como esse:
Inclusive o primeiro comentário demonstra o comportamento que estou tendo.
Votei nele para que possa ser dada alguma atenção a isso. Se alguém tiver conta no bugzilla do eclipse e quiser/poder votar