Formatador 1 -> "0001"

Não tenho certeza mas acho que isso pode te ajudar

http://java.sun.com/docs/books/tutorial/java/data/decimalFormat.html

de uma olhada nessa parte

123.78 000000.000 000123.780 The pattern specifies leading and trailing zeros, because the 0 character is used instead of the pound sign (#).

Você vai formatar apenas a exibição já que o número inteiro não dá

Faça asism:

import java.text.NumberFormat;

public class Teste {
	public static void main(String args[]) {
		NumberFormat formatador = NumberFormat.getIntegerInstance();
		formatador.setMinimumIntegerDigits(4);
		formatador.setGroupingUsed(false);
		String meuNumero = formatador.format((long) 1);
		System.out.println(meuNumero);
	}
}

acho que aqui vc també pode encontrar alguma coisa que vc quer…
http://www-106.ibm.com/developerworks/java/library/j-mer0625/