Quer só formatar ou irá reinstalar alguma coisa? Manterá o sistema de arquivos NTFS?
Se você formatar com um disco do Windows, poderá perder o dual boot porque o instalador do Windows costuma reescrever a MBR (setor de inicialização, que basicamente diz quais os sistemas instalados e de onde iniciá-los).
Acredito que você consiga formatar pelo próprio Linux, usando o GParted ou similares. Costuma ser uma ferramenta simples de usar, mas dê uma pesquisada no Google para entender o processo antes de realizá-lo, pra não perder nada. Pode fazer a partir da sua própria instalação do Linux ou usando um LiveCD (de distros como SystemRescueCD).
Obviamente, recomendo fazer backup antes se possível, mesmo que só mexa na partição Windows.
Obs: como o fórum aqui é mais voltado à programação, pode ser interessante você postar em fóruns como Guia do Hardware ou Hardware.com.br.
Abraço.