Framework serve para te auxiliar nas tarefas mais corriqueiras do seu projeto (e nas menos também) com algum padrão que você já tenha para resolver os problemas.
Como aplicar um framework? Experimente fazer um projetinho bobo (controle de horários por exemplo), suponhamos que você tenha adotado o VRaptor. Aí você para e pensa: “Putz, essa listagem aqui eu podia fazer com Ajax… ahhh, mas vai dar móh trabalheira fazer… melhor não…” E aí vc vai mais além e vai na documentação do VRaptor e descobre que ele faz boa parte do trabalho “sujo” (não que seja) do Ajax para você.
Esse é o intuito dum framework. Facilitar sua vida em tarefas que você realizaria e que não seria tão faceis de ficar fazendo e refazendo sempre.