FTP e Backup

Pessoal, é o seguinte.

Preciso criar um app desktop, que em determinado horário ele verifique o ftp, veja se houve alguma alteração, se houver ele comece a baixar os arquivos de lá.

Como posso comparar a versao que esta no desktop, com a versao que esta no ftp?

Talvez ter um arquivo que determine que houve alterações seja a forma mais simples.
Será que não é interessante investir em Java Web Start?