Tome um pouco de cuidado, porque Runtime.exec (“xxxx”) é quase a mesma coisa que system (“xxxx”), mas system é um pouco mais esperto porque ele checa se o comando é um executável ou um comando do Prompt de Comando (cmd.exe).
Portanto, o equivalente a system (“cls”) não é Runtime.exec (“cls”) mas sim Runtime.exec (“cmd.exe /c cls”), já que não existe um programa chamado “cls.exe”, mas um comando do Prompt de Comando (cmd.exe) chamado cls.