Gerando arquivos JAR e MANIFEST.MF

Geralmente criamos o arquivo manifest.mf mesmo. Nele vc colocará a main class e o nome dos .jars externos que sua aplicação depende.
Felizmente, a maioria das IDEs consegue criar esse .jar sozinho, já preenchendo as duas informações.

Entendi, se não utilizar IDE tem de ser tudo, TUDO, no braço. Esse arquivo MANIFEST.MF é somente para referências como esse caso da declaração da classe main? Há algum, vamos dizer, ponto crucial que somente com esse arquivo e suas declaraçãoes o .JAR irá rodar?

errado, há outra forma de rodar o .jar mais isso não fica claro quando vc gera o .jar pela IDE, entendeu?

Não tão claramente, mas o que seria realmente necessário nesse arquivo? Além da declaração da main class, é claro.

Faz assim! gera um .jar pelo netbens depois que fizer isso descompacte o .jar e procure o arquivo manisfest e verifique o que é mostrado. Se ficar com dúvidas volte a postar

rodou?

O main class já seria um motivo grande o suficiente. Mas dentro dele também vai, como eu já havia falado, o nome de todos os .jars que seu .jar depende.
O .jar pode ser também assinado (ter um certificado de autenticidade), que irá incorporado ao manifest.

Mais informações:
http://java.sun.com/developer/Books/javaprogramming/JAR/basics/manifest.html