getCanonicalPath();

To usando esse metodo pra pegar o diretorio onde esta o banco de dados, pro usuario poder instalar a aplicacao onde ele quiser.

String diretorio=dir.getCanonicalPath(); url= "jdbc:firebirdsql:localhost/3050:"+diretorio+"/meuBanco.fdb";
No WinXp funcionou normal, coloquei a apliacacao em varios diretorios diferentes e ele sempre achou o banco de dados, mas quando eu fui rodar no win 98 na faculdade, ele deu erro,nao achando o local do banco, alguma ideia do que pode ser?

Dá uma olhada na documentação da API Java, mais precisamente em java.io.File aí vc encontra esse método e algumas informações sobre seu funcionamento.