Gravar Padrão Utilizado pelo Usuário no JTable

Você pode criar uma função para quando a aplicação for encerrada chamar os métodos get() dos componentes para pegar as dimensões deles.

http://www.guj.com.br/java/128239-executar-metodo-ao-fechar-um-jframe-resolvido

Em seguida salva elas em um arquivo simples.

http://www.guj.com.br/articles/13

A tabela sei o tamanho o problema é as colunas e a ordem das colunas que quero gravar por usuário.

Use o ColumnModel para pegar a quantidade de colunas e suas propriedades, através do índice.

Depois é só persistir e restaurar as colunas usando um arquivo, como o diogozero já falou.