Qual a melhor maneira de implementar um help em uma aplicação web??
[]'s
Crie uma popup genérica para abrir o conteúdo de um arquivo (Uma página JSP) que conterá o conteúdo do help, depois adicione um link em cada página para chamar o help específico da mesma.
Espero ter ajudado.
Complementando…
Você ainda pode possuir um outro arquivo, uma página principal, para listar todos os helps do sistema.