Hibernate 3.2 e versões anteriores

Vamos aos fatos:

• O Hibernate é um framework onde o mapeamento objeto-relacional é feito a partir de um arquivo XML e isto não vai mudar!
• Foi criado um padrão para lidar com a persistência em aplicações chamado JPA, que utiliza anotações para a definição do mapeamento (mas também pode ser configurado no XML!!!)
• O Hibernate implementou o JPA, porém as funcionalidades antigas continuarão existindo!!!

A vantagem de se usar o JPA é que se você não quiser utilizar mais o Hibernate, você pode escolher qualquer outra implementação da JPA (porque agora é um padrão) e utilizar sem precisar alterar o código fonte. Mas fique tranquilo que o bom e velho mapeamento XML do hibernate vai continuar existindo.