Hibernate apaga referência a uma collection

Pessoal,

Eu preciso recuperar um objeto e replicá-lo para várias unidades, mudando apenas dois atributos. O processo está funcionando, porém está acontecendo uma coisa estranha com as collections associadas aos objetos que estão sendo replicados. 

Ex:

Eu tenho uma classe Usuario que tem uma uma collection chamada grupos que é do tipo Collection<Grupo>. Quando eu replico um usuário os grupos do usuário são passados para o novo usuário. Então estranho é porque, passa a ter dois usuários, porém os grupos do usuário 1 são apagados e cadastrados no usuario 2.

Alguém sabe o que pode ser isso?