Hibernate em sistema de grande porte

Alguém aqui já trabalhou com Hibernate em um sistema de grande porte? Algo acima de 1000 entidades. Acredito que levantar uma session factory desse tamanho será um problema e colocar as entidades em session factories separadas vai impedir uma boa navegação no hibernate (queries).

Gostaria de saber as experiências de vocês em relação a isso, por favor citando o número de entidades que o projeto tinha para dar uma melhor comparada.