Hibernate = *.hbm.xml

É obrigatório que o arquivo Cliente.hbm.xml esteja no mesmo diretório que o Cliente.java?

VAlew!!

Não.

Como e onde eu configuraria para que o hibernate soubesse onde ficam os meus mapeamentos?

Valew!!

No hibernate.cfg.
É só colocar o caminho/path completo até onde está seu hbm.
exemplo:

<mapping resource="br/com/sua/empresa/hbm/Exemplo.hbm.xml" />