Primeiramente me desculpe se estiver perguntando alguma baboseira, é que só sou novo com hibernate esto começando a ente delo.
Esto fazendo um relacionamento many-to-one e o que percebi que ele sempre cria left outer join entre as duas tabelas, tem como no mapeamento definir pra não faze-lo
Ex : FROM EXA026 itemmanife0_, EXA025 manifestod1_
WHERE itemmanife0_.EMP_MANIFESTO=manifestod1_.EMPRESA
and itemmanife0_.FIL_MANIFESTO=manifestod1_.FILIAL