Hibernate X JPA2

Galera,
estou com uma dúvida que ainda não consegui resolver…
Estou com uma aplicação que estou usando JPA2 e como provedor o Hibernate.
Mas qual as vantagens de desvantagens de utilizar o persistence.xml para o hibernate.cfg.xml.
O qual é melhor utilizar o método persist do EntityManager ou o save do Hibernate.
E também estava querendo utilizar Data source.
Tem como usar com sem utilizar os atributos e tags do Hibernate???
Obrigado!