Depende do funcionamento do banco. Ao fazer algo como:
insert into TABELA( ID, VALORAUTOINCREMENTO ) values( 1, null )
O que aconteceria? Caso funcionasse da maneira que deseja, poderia cria um UserType.
Caso a coluna precise ser omitida, não sei como resolver, pois o PreparedStatement passado para o método nullSafeSet da interface UserType já estará esperando este parâmetro.