Existe algum programa que gere automaticamente o XML para o Hibernate, os arquivos de configuração e a classe com os objetos dos dados (ela se chama Beans né)?
Outra coisa, aonde eu devo colocar o arquivo Hibernate3.jar e os arquivo .Jar da pasta lib do Hibernate?
Edit: Posso usar o Hibernate para aplicativos desktop?
Se não me equivoco, o plugin JBoss Tools para o Eclipse facilita muito a criação de arquivos de configuração do Hibernate. Somente não sei se têm tudo o que você precisa.
Os arquivos .jar devem estar no teu classpath, normalmente são colocados na pasta WEB-INF/lib.
Pode usar o Hibernate para aplicativos Desktop sim. Não tem nada que segure o Hibernate com o protocolo HTTP.
Quando você cria o projeto em NetBeans, ela faz o necessário para que as pastas de teu projeto estejam do classpath. Somente coloca elas na pasta lib que as classes vão poder ser implementadas e estendidas.