Possuo uma hospedagem em php, se eu criar uma aplicação em JavaFx funcionará em na mesma hospedagem ou vou precisar de uma hospedagem que de suporte a java?
No mínimo, vc vai precisar de uma hospedagem java é é bom se certificar se suporta JavaFX.
Mas o java não utiliza uma máquina virtual no pc do cliente?
Você não precisa hospedar JavaFX, JavaFX roda no lado cliente!