Bom, eu uso o NetBeans pois me familiarizei muito com ele.Não parei para obeservar o Eclipse muito bem, mas vou dar uma olhada pra ver. 
O que mais me encantou no NetBeans é a possibilidade de construção de GUI’s facilmente e por ele ser open source e free.E pelo que até hoje vi (posso estar errado) o Eclipse não possui um “construtor de GUI’s” muito bom como o do NetBeans.É isso aí.
Pô galera, foi mal era para mim ter respondido um tópico.Estou meio “vuado” hoje… :oops: