Ideias de substituiçao com vetor

import javax.swing.JOptionPane.*; 

public class Atbash { 
	public static void main(String args[]) { 
		String a;
		a="";
		String aux = new String();
				
		String [] b = {"A","B","C","D","E","F","G","H","I","J","K","L","M"}; 
		String [] c = {"Z","Y","X","W","V","U","T","S","R","Q","P","O","N"}; 
		do { 
			String x; 
			x = javax.swing.JOptionPane.showInputDialog("Escrevas as letras:"); 
			aux=x;
			if(!x.equals("."))
				a=a+x; 
		} while(!aux.equals(".")); 
		 
		System.out.print(a);
		aux=a;
		 for(int i=0; i<aux.length(); i++) { 
	         for(int j=0; j<b.length; j++) {
	            if(aux.charAt(i)==b[j].charAt(0)) 
	               a=a.replace(a.charAt(i),c[j].charAt(0));
	            else if (aux.charAt(i)==c[j].charAt(0))   
	            	a=a.replace(a.charAt(i),b[j].charAt(0));
	         }
	     }
		System.out.print("\n"+a);
		System.exit(0); 
	} 
}