Estou enfrentando um problema para determinar se um e-mail capturado por pop3 usando a biblioteca javamail é uma resposta a outro e-mail que enviei pela interface smtp da mesma API.
Use o header “In-Reply-To” mas você deve tomar o seguinte cuidado: nem sempre o software de email que o destinatário for usar sabe realmente usar esse header In-Reply-To.
Na prática, eu costumo pôr um identificador (no título da mensagem e no corpo) e procuro esse identificador único, tanto no título quanto no corpo. Se achar em algum lugar, é uma resposta ao email que mandei.
Um exemplo de título de mensagem com um identificador único: