Caro josivanl,
o Glassfish e outros servidores de aplicações web (JBOSS, IIS, TOMCAT …), quando iniciam sua aplicação costumam carregar alguns objetos próprios para controlar as conexões, criar sessões privadas, criar sessão pública onde são mantidos objetos globais de sua aplicação, controlar as requisições e respostas e canais com recursos de retaguarda como banco de dados e interface com outros sistemas.
O problema mencionado por você pode ter relação com:
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Timeout de sessão ocorrido porque no Glassfish o tempo padrão para encerrar uma sessão ociosa foi atingido e objetos forem descarregados.
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Memory leak (lixo em memória) gerado por alguma ou algumas rotinas de sua aplicação web. Isso ocorre quando você instancia objetos com muita frequência e os deixa na memória, seja porque colocou num contexto permanente ou seja porque você abriu um objeto muito complexo e mesmo tendo acabado com ele através de ter colocado ele no escopo de um método, a JVM não conseguiu destruir porque é complexo.
Utilize o Admin Console (porta padrão 4848 ) do Glassfish e vá ao menu “Application Server”. Verifica sua aplicação e o log dela para entender a origem do stacktrace.
Estas análise preliminar é baseada no que você relatou.
Mas o problema pode ser mais simples do que uma pane, isto é, pode ser uma situação constante que é descoberta somente quando o usuário faz um certo procedimento. Por causa disso, também é interessante você mapear o que está sendo feito onde ocorre o problema porque o ambiente de produção e de teste podem variar muito e inibir a situação em seu ambiente.
wiliamps