Importar projetos no Eclipse

Bom dia
Meu problema é o seguinte, estou com um grupo de trabalho na faculdade, estamos desenvolvendo um projeto em Java, inicialmente um dos integrantes começou o projeto, então eu fiz uma copia para trabalhar e fazer alguns ajustes, copiei na pasta workpace do eclipse e importei o projeto, comecei fazer as alterações em uma classe salvei e quando fui executar (RUN) minhas alterações não aparecem , fica só no projeto do meu colega, modifiquei direto no código, modifiquei no windowsbuilder, no eclipse aparece as modificações salvas, mas quando dou um RUN não aplica essas alterações. o mais engraçado é que eu depois eu fui lá e exclui essa classe do projeto e executei o projeto do meu colega funcionou normalmente, é como se tivesse em um arquivo temporário ou coisa parecida. Já tentei em mais de um computador, já mudei a versão do eclipse, mas continua no mesmo. Não sei mais o que fazer.