Não vi ninguém comentar muito, vai aí a dica: A Sun criou já a algum tempo o projeto SwingLabs, que contém vários projetos para melhorar o suporte do Java na área de Swing, AWT, Desktop, etc. Entre os sub-projetos o mais conhecido é o JDIC (JDesktop Integration Components).
Basicamente o JDIC é um projeto para integrar melhor as aplicações gráficas Java com o ambiente do usuário.
:arrow: Introducing JDIC
O JDIC é composto de bibliotecas utilitárias, criadas através de JNI, que permitem a utilização de funcionalidades presentes nos SOs, mas que não fazem parte da distribuição padrão do Java. Entre as muitas funcionalidades, a mais famosa é a integração com o Tray do Sistema.
O projeto é patrocinado e administrado pela Sun, sendo aberto à participação do público. O mais legal, é que conforme as versões forem se estabilizando, a Sun irá incluir as funcionalidades na distribuição padrão do Java. Então, essa é a oportunidade de contribuir para a evolução do Java no Desktop. 
:arrow: Where’s JDIC Going?
