Tempo, paro o projeot lá? : )
Bom, Facade pra mim é tudo que se possa ser fachada : )
Não somente negócios/cliente, voce pode ter negocio/banco usando facade.
A Facade é usada sempre que você precise isolar algo, ou seja, encapsular.
no teu caso, tu usa uma facade pra encapsular como o cliente vai ver seus negócios, no meu caso, somente para que os negócios não vejam os DAOs.
Só são locais diferentes, mas o mesmo prícinpio.
No teu caso eu concordo que commands é melhor, até por ser um padrão para isso, no caso SUN. e até mesmo uns filters e etc.
Considerando meu suo, pode ser que realmente minha fabrica nunca mude, mas não acredito nisso, ja ouviu a frase “os requisitos sempre mudam” pois é, ta ai o problema hehe
Se um dia eles mudarem, meus clientes/negocios não vão nem querer saber disso e nem precisaram, pois somente atualizaria minha factory 
E minha facade continuaria intacta, isso considerando uma atualização, não novas funcionalidades, pois ai teria que alterar também a Facade.
Não se entendi bem o que tu disse, mas disse que sua Facade tem lógicas de negócios? e por isso usa commands?
Acredito que facade nunca deve conter lógica alguma a não ser chamadas á métodos de outros, caso contrário não seria uma facade.
Abraços
PS: desanima com o proejto não que logo to efetivamente lá 