Inserir um JPanel em um outro em tempo de execução?

Normalmente é usando o método add.

Mas o método add varia de acordo com o layout manager do seu painel principal.

Para um border layout:

Para um flowlaoyout:

Para um gridbadlayout você terá que criar uma gridbagconstraints primeiro.

Caso seu painel já esteja sendo exibido, você tem que fazer:

Depois do add. Nota: Se você vai adicionar multiplos componentes no painel principal, você pode dar somente um validate(), no final. Assim você ganha um pouco de performance.