Integração de tecnologias em aplicação de médio porte

Boa noite.

Sou novo no fórum e espero estar cumprindo as regras ao postar este primeiro tópico no fórum. Caso em algum aspecto eu deixe de cumprir algum requisito do fórum, por favor, peço que me avisem.

Bom, tenho algumas dúvidas em relação à uma aplicação que estou desenvolvendo, que por sinal, levará certo tempo para que fique em um estado adequado para entrar online.

A princípio será uma aplicação para um grupo de amigos, porém, tenho esperança de que acabe se tornando algo utilizado.

Enfim, não detalharei a aplicação em si inteira aqui no fórum, mas pequenas partes dela para conseguir retirar certas dúvidas.

Não sou um programador experiente, mas tenho muita vontade de aprender, determinação, foco, com uma boa lógica e com conhecimento maior em Java neste momento, do que outras linguagens. Em segundo lugar poderia destacar PHP utilizando o framework CodeIgniter.

Vamos então às dúvidas:

A aplicação que estou realizando terá um chat (bate-papo) que será desenvolvimento na linguagem Java.

A aplicação rodará via browser, online, e futuramente terá um app também.

A aplicação conterá também um perfil para cada usuário.

Eu gostaria de esclarecer então, pois realmente não tenho experiência e muito conhecimento, como seria em primeiro caso, a questão do chat. Eu posso desenvolver este chat em Java tranquilamente, como se fosse rodar em Desktop como um programa comum? É apenas após a criação que integrarei, digamos assim, para rodar na aplicação junto ao browser?

O perfil de usuário e demais funcionalidades, eu pensei em desenvolver em PHP. Como funcionaria a integração deste sistema?

Enfim, para não estender mais do que já está o tópico, aguardarei respostas dos caros amigos do fórum, para então talvez levantar mais questões a respeito.

Um abraço.