Introdução a Java com ferramentas utilizadas e como funcionam?

Começando em java e vai direto para web? Se vai começar, comece pelo princípio, estudando a base da linguagem. Deixe a parte web para depois.

Recomendo estudar primeiro java, depois partir para acesso a banco de dados. Sugestão: já ouviu falar em postgresql? O MySQL, desde que foi comprado indiretamente pela Oracle, praticamente parou no tempo.

Sugestão: eclipse!

Nunca utilizei.

Ao invés de ir catando jars pela internet a fora, estude maven ou gradle. Será muito mais útil.

Eu utilizo mysql conector para conexao com mysql, o que esse maven faz necessariamente???, desculpe so aproveitando a pergunda do amigo

O Maven é uma iniciativa da Apache Software Foundation que identificou que boa parte dos problemas e do tempo que era gasto em um projeto se devia à incompatibilidade de versões entre as inúmeras dependências dos projetos que eles desenvolviam.
As funções básicas do maven englobam:

• Obter as dependências (libs/jars) do projeto
• Compilar e disponibilizar artefatos para uso (como executáveis ou não)
  Tudo isso a partir de uma configuração feita em um arquivo chamado pom.xml.

O gradle (e outros) seguem a mesma ideia. No caso do gradle, a diferença consiste em não existir um xml (ponto pro gradle), mas um arquivo chamado gradle.build (se bem me lembro)

Qual seria o melhor Ambiente para desenvolver ? (Java JDK 7?)

Comece já pelo Java 8, que é a ultima versão e tem diversas coisas novas legais.

Servidor Apache Tomcat

É um web container, ou seja, é onde roda seus projetos web

MySQL Server

MySQL é um banco de dados. Se não sabe o que é um banco de dados da uma googladinha sobre. Existem vários outros tipos de banco de dados: Oracle, Postgres, SQL Server, etc.

NetBeans

NetBeans é uma IDE. E o que é uma IDE? É um software usado no desenvolvimento de software, que ajuda na construcao de seus códigos. Ele tem autocomplete, compila seus códigos e tem diversos plugins para várias outras coisas.

e verificando tambem, vi que são necessarios alguns Java Packages(para que servem?)

São bibliotecas auxiliares que já contém um código pronto para uso, você apenas importa no seu projeto e usa o código que ele disponibiliza.