como se dá a diferença de codificação entre jse e jme, a compatibilidade de código existe ou são totalmente diferentes as classes , bibliotecas…
JME seria um JSE compacto.
As classes básicas são quase as mesmas, porém com algumas restrições. Dai tbm depende do que você for usar no JME, se usar o CDC + Personal Profile, vc tem acesso a quase tudo do JSE (menos Swing).
Da uma olhada no fórum de J2ME aqui, nos primeiros tópicos. Vale ler a documentação do JME tbm para entender melhor as especificidades.
Abraços.