Olá adrianotopete
O arquivo JAR que o Netbeans gera só contém as classes do seu projeto (as que você criou), não as utilizadas por você. Criar JAR com outros JAR dentro, eu acho que pode :roll: (já que arquivos JAR são arquivos comprimidos…), mas aí acho que não vai funcionar como você quer. Alguém me corrija se isso der certo
.
O que você pode fazer é, na hora de rodar a classe, deixar o classpath apontando pros arquivos JAR do MySQL e dos seus relatórios e rodar pela sua classe (e não pelo JAR das suas classes). Por exemplo (Linux):
java -cp driver.jar:ireport.jar:[todos os outros JAR]:. pacote.ClassePrincipal
Para o Windows, é só trocar os dois-pontos por ponto-e-vírgula, como caractere de separação de diretórios. Faça um arquivo .sh (ou .bat, no Windows) com essa linha e execute através dela. Sem problemas 
Uma coisa que eu descobri apanhando há um tempo atrás é que você não pode executar uma classe dentro de um arquivo JAR e definir um classpath para seu programa. Por quê? Eu vi isso em algum lugar no site da Sun, não encontrei de novo agora… quando [se] eu achar eu posto aqui. Dizia que uma vez que você especificou pra rodar uma aplicação com -jar, todo o classpath dela será ele, então não adianta setar outro na linha de comando… Bem, eu acho que foi isso que eu li :razz:
Mas enfim, dessa forma que eu mostrei creio que dá pra rodar. Beleza?
Até mais,