Já tentei fazer de tudo: meu manifest aponta para o JAR do MySQL no Class-Path e nada. Dá uma exceção dizendo que não encontrou o Driver do MySQL sendo que ele está no mesmo diretório do JAR da aplicação. 
Vc carregou o Drive corretamente na aplicação?
Reparou se vc não atingiu o limite de variáveis de ambiente no classpath?
Como está seu manifest ?
A minha aplicação funciona normalmente sem estar empacotada no JAR, inclusive o JAR executável está funcionando.
Manifest-Version: 1.0
Main-Class: br.com.gesoc.servidor.ServidorConsole
Class-Path: mysql-connector-java-2.0.14-bin.jar
Acho q é sem os 2pontos,e pelo q parece vc tem q distribuir seu arquivo jar e o do mysql juntos(ficando no mesmo dir)…dica do Smota!Mas considerando q vc fez isso,realmente tá estranho o problema!
Como seria se eu precisasse de varios arquivos jars de terceiros?
basta separar os JAR´s com espaço:
Class-Path: mysql.jar fulano.jar ciclano.jar