Icavalera,
Se você está criando um .jar com uma aplicação java, então a solução é a seguinte:
O jar que você está criando possui as suas classes, e possivelmente existe um META-INF indicando qual a classe a ser executada (aquela que tem o método static main).
Para executar esse jar você chama o java assim:
java -jar meujar.jar
Mas como o driver jdbc não é localizado você recebe uma exceção. Você pode colocar o jar do mysql na chamada acima, ou colocar as classes jdbc dentro do seu próprio jar. A segundaopção é melhor para quem vai distribuir o .jar para final user.
Descompacte ambos jar em uma mesma pasta, compacte de novo em um única arquivo jar (zip) e pronto. As classes jdbc serão encontradas sem a necessidade de incluir o jar no classpath.
PS: no início achei meio estranho ter de fazer isso, mas no final é o que a ferramenta da Borland, por exemplo, faz quando você pede que ela gere um jar auto suficiente. Eu faço isso de forma automatizada com o ant.
Boa sorte.