Sei que o post é antigo, porém, como existem pessoas que ainda têm problemas com este assunto (como eu :lol: ), segue a minha contribuição:
O problema é que o IReport utiliza Java/AWT para a montagem e pré-visualização do relatório e o gerador de PDF não, o que obriga a definir uma fonte especifica para PDF. Na versão 3.7.1 do IReport estes métodos estão “deprecated” o que se faz necessário criar uma biblioteca JAR/Zip com as fontes utilizadas (e criar um xml com algumas configurações) e adicioná-las ao classpath da aplicação.
O interessante é que a versão 3.7.1 possui um utilitário para realizar esta tarefa, através do menu Ferramentas --> Opções --> iReport --> Fonts. Basta clicar em install font, selecionar a Fonte (e suas variações, tipo Negrito, Itálico, etc.) e gerar o arquivo jar/zip a ser adicionado ao classpath.
A partir deste momento, basta executar a aplicação que o relatório irá respeitar as formatações escolhidas no processo de geração do PDF.