Nesse caso você pode fazer tudo em Java, usando JSP e Servlets (ou JSF ou mesmo outro framework Web de sua preferência).
Procure pelo padrão MVC(Model-View-Controller). Consiste separar o seu aplicativo nessas 3 camadas, interagindo entre si, sem mistureba de código Client-Side(html, css, javascript, jquery) com o Server-Side(Java).
MVC e 3 Camadas são coisas distintas.
MVC não eh sinônimo de web, embora funcione muito bem nela. Swing por exemplo tem sua arquitetura fundamentada no MVC. A comunidade Smalltalk já utiliza o padrão MVC a mais de 30 anos, enquanto a Web como um serviço publicado na Internet tem apenas 20 anos
PROTOCOLO HTTP.
PROTOCOLO HTTP.[/quote]
Falou tudo.
Html + Servlet.
Utilize funções do protocolo HTTP como por exemplo.
request.getParameter("txtUsuario");
retorna o valor preenchido no campo txtUsuario.
Estude a tag <form method="post" ou method="get" action="SeuServlet">
no SeuServlet você utiliza o request.getParameter();
easy easy!