Java + /etc/passwd

Olá pessoal, estou precisando fazer uma aplicação java que receba o nome do usuário e a senha, e compare com o arquivo /etc/passwd do linux. Se der tudo certo, o usuário fica autenticado e a aplicação permitirá que esse altere senha, visualize cotas e etc. Vocês me sugerem fazer isso por java (sugestões de como fazer são bem vindas), ou fazer chamando algum shell script que faça isso, dentro do java?
Acho que o problema maior é como fazer essa autenticação.

ps.: a motivação dessa aplicação é que eu tenho um PDC samba com clientes windows, que mau sabem utilizar o console do DOS quanto mais entrar no linux e executar passwd usuário. Essa aplicação depois seria migrada para servlets e jsp, para ficar acessível pela intranet. Seria uma aplicação para facilitar a gerencia de usuários e a obtenção de informações por parte destes em um PDC samba.

Desde já, muito obrigado.