Java heap space!

Você pode aumentar um pouco o heap space, alterando um dos parâmetros do Tomcat (procure nos scripts de inicialização a instrução -Xmx e aumente o espaço), mas isso também pode ser sintoma de um problema latente em uma das aplicações, como conexões a bancos de dados que não são encerradas, ou outras estruturas de dados cujo espaço não é corretamente liberado após seu uso. Se você estiver usando o Tomcat com Java 6.0 você pode usar o jmap para gerar um “dump” da memória usada pelo Java, e jhat para gerar um relatório dos objetos.
Exemplo de um relatório gerado pelo jhat para um Eclipse 3.2 rodando sob Java 6.0:

http://localhost:7000/histo/

Heap Histogram

All Classes (excluding platform)
Class 	Instance Count 	Total Size
class [C 	163679 	12453334
class [B 	7994 	3279542
class java.lang.String 	138850 	2221600
class [I 	24519 	2106516
class [Ljava.lang.Object; 	15918 	1128440
class java.util.HashMap$Entry 	46778 	748448
class [S 	9298 	743934
class [Ljava.util.HashMap$Entry; 	3394 	741396

Aqui estamos vendo que 12.453.334 bytes são gastos em 163.679 arrays de caracteres ("[C"), por exemplo.

Então, é verdade mesmo, eu estava pensando em aumetar o espaço de memória que a jvm pode usar, mas acredito que isso seja um sintoma de que alguma parte da aplicação não está legal. Você mencionou um ponto que eu não tinha pensado, que é a questão da liberação dos objetos de persistencia, vou verificar se essa parte do projeto está funcionando corretamente, dai eu posto a resposta aqui novamente.

Muito obrigado pela ajuda !