Pessoal,
Estou tentando transformar um arquivo em XML (O arquivo tem 500 MB) quando rodo da o seguinte erro:
Meu código:
[code]public class Main {
public static void main(String[] args) {
XStream xstream = new XStream();
List valores = new ArrayList();
BufferedReader br = null;
try {
String fileName = "arquivo4.txt";
br = new BufferedReader(new FileReader(fileName));
SequenceIterator stream = SeqIOTools.readFastaDNA(br);
while(stream.hasNext()){
try {
org.biojava.bio.seq.Sequence seq = stream.nextSequence();
//valores.add(seq);
DNA dna = new DNA();
dna.setNome(seq.getName());
dna.setSequencia(seq.seqString());
dna.setQualidade(seq.seqString());
valores.add(dna);
//System.out.println("Nome: " + seq.getName() + "\tURN: " + seq.seqString());
} catch (NoSuchElementException ex) {
Logger.getLogger(Main.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
} catch (BioException ex) {
Logger.getLogger(Main.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
}
}
} catch (FileNotFoundException ex) {
Logger.getLogger(Main.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
} finally {
try {
br.close();
} catch (IOException ex) {
Logger.getLogger(Main.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
}
}
String contatosEmXML = xstream.toXML(valores);
System.out.println("\nContatos em XML:");
System.out.println(contatosEmXML);
}
}
[/code]
Alguém tem alguma ideia ?
Obrigado,
Marcelo Gomes