Java Não processo toda a lista de arquivos durante a leitura

public class GravaComplLogXmlNFe
 {
	public String entrada;
	public String validados;
	public String rejeitados;
	public String excluidos;
	public String atualizados;
	public String invalidos;
	public String processo;
	public String moveXml;
	public String excluiXml;
	
	public File dirEntrada;
	public File dirValidados;
	public File dirRej;
	public File dirExcluido;
	public File dirAtualizados;
	public File dirLayoutInvalido;
	
	public String nomeArquivo;
	public String caminho;
	
	private boolean flegProcesso = false;

	public void gravaComplementoLog(String Obrigacao, int sequence) 
	 {
		/*
    	 * Chama a Classe CusDirXml para recuperar
    	 * as pastas de controle dos arquivos Xml.
    	 */
    	CusParamDirXML cdx = new CusParamDirXML();

    	//Cria a Lista
    	List<ConsCusParamDirXml> lista = cdx.getLista(Obrigacao);

    	for (ConsCusParamDirXml construtor : lista)
    	 {
    		entrada 	= construtor.getDirEntrada();
    		validados	= construtor.getDirArqValidados();
    		rejeitados 	= construtor.getDirArqRej();
    		excluidos	= construtor.getDirArqExcluido();
    		atualizados	= construtor.getDirArqAtualizados();
    		invalidos	= construtor.getDirArqLayoutInvalido();
    		moveXml		= construtor.getMoveXML();
    		excluiXml	= construtor.getExcluiXML();
    	 }// Fim do for

        //Atribui o diretório dos xml às variáveis
    	dirEntrada        = new File(entrada);
    	dirValidados      = new File(validados);
    	dirRej		      = new File(rejeitados);
    	dirExcluido	      = new File(excluidos);
    	dirAtualizados    = new File(atualizados);
    	dirLayoutInvalido = new File(invalidos);

    	//Cria um array com os arquivos
        File[] files = dirEntrada.listFiles();

        //Inicia o Loop
        for (File file : files)
         {
        	if (file.isFile())
       	     {
        		nomeArquivo = file.getName();
        		caminho = file.toString();
        		
        		try 
        		 {
					String xml = lerXML(caminho);
					
		            TNfeProc wNfe = getNFe(xml);  
		            if (wNfe != null) 
		             {    
		             /*   info("| Destinatario[CNPJ]........: " + wNfe.getNFe().getInfNFe().getDest().getCNPJ());    
		                info("| Destinatario[Nome]........: " + wNfe.getNFe().getInfNFe().getDest().getXNome());  
		                info("| Emitente[CNPJ]............: " + wNfe.getNFe().getInfNFe().getEmit().getCNPJ());    
		                info("| Emitente[Nome]............: " + wNfe.getNFe().getInfNFe().getEmit().getXNome()); */ 
		                
		                info("| nome do Arquivo............: " + caminho);  
		                info("| Emitente[Nome]............: " + wNfe.getNFe().getInfNFe().getEmit().getXNome());   
		                  
		             //   System.out.println(wNfe.getNFe().getInfNFe().getDet().size());  
		                for(int i=0; i < wNfe.getNFe().getInfNFe().getDet().size(); i++)
		                 {  
		                   // info("| Item[Nome]............: " + wNfe.getNFe().getInfNFe().getDet().get(i).getProd().getXProd());      
		                 }  
		            } 
					
					
				 } 
        		catch (IOException e) 
        		 {
					// TODO Auto-generated catch block
					System.out.println("Erro gerado: " + e.getMessage());
					e.printStackTrace();
					
				 } catch (Exception e) {
					// TODO Auto-generated catch block
					e.printStackTrace();
				}
       	     }//Fim do if (file.isFile())
         }//Fim do for (File file : file)
	 }//Fim do método gravaComplementoLog
	
    private static String lerXML(String fileXML) throws IOException 
     {    
        String linha = "";    
        StringBuilder xml = new StringBuilder();    
    
        BufferedReader in = new BufferedReader(new InputStreamReader(    
                new FileInputStream(fileXML)));    
        while ((linha = in.readLine()) != null) 
         {    
            xml.append(linha);    
            //System.out.println("Linha Xml: " + xml);
         }    
        in.close();    
    
        return xml.toString();    
     }//Fim do método lerXml 
    
    @SuppressWarnings("unchecked")    
    public static TNfeProc getNFe(String xml) throws Exception{        
        try 
         {        
            JAXBContext context = JAXBContext.newInstance(TNfeProc.class);        
            Unmarshaller unmarshaller = context.createUnmarshaller();        
            TNfeProc nfe = unmarshaller.unmarshal(new StreamSource(new StringReader(xml)), TNfeProc.class).getValue();        
            return nfe;  
         } 
        catch (JAXBException ex) 
         {        
            throw new Exception(ex.toString());        
         }        
    }
    
    private static void info(String log) 
     {    
        System.out.println("INFO: " + log);    
     }