Java ou o que?

escrever no browser?
bem no browser nunca fiz, mas acho ue seria mais fácil implementar algo assim em C.

Para abrir aplicações na inicialização, é só escrever no registro do windows. Para escrever em cima de outros softwares, vai precisar de jni.

Apesar de ter ouvido falar de alguns bugs (nunca usei essa classe), java.awt.Robot acredito que possibilite realizar automações. Claro que mais indicado seria por exemplo AutoHotKey, Marathon, ou mesmo C/C#.

a respeito das inicializações no computador com a ferramenta do próprio computador, no caso o windows, eu já havia descobrido.
Outra informação que eu encontrei no caso INTERNET apenas, existe uma ferramenta que se chama IMacros, existem distribuições gratis e as mais avançadas são, logicamente, pagas hehe.

Descobri do imacros que você pode programar dentro do IE ou Firefox, é so você entender um pouco do sistema, por exemplo:

Se você quiser virar um spammer (SÓ EXEMPLO!! NÃO FAÇAM QUE É UM SACO ESSES SPAMMERS!!!) dentro de algum site do tipo orkut, tweed, lemon, etc, tem como você disparar uma sentinela que faz isso de acordo com as coordenadas da página, e como são páginas padrões não há alterações nas coordenadas.

o que eu ainda não encontrei no caso são ferramentas que interajam com o proprio computador, por exemplo, criar um programa que ativa o macro criado no access depois automaticamente copia o resultado, abre o excell, cola especial e formata no excel.

em geral, coisas desse tipo que são automáticos. Vou dar uma olhada em C/C#, eu não entendo muito mais vou seguir os conselhos.

Quem tiver algo mais a falar, está em aberto à caça ao conhecimento