Java + Tomcat - Variáveis estão se sobrescrevendo

Olá,
Estou com um problema. Agradeço a ajuda.

Considere o seguinte cenário:

Tenho um página web de um portal em java, servlet, que possui link para diversos sistemas também em java. Ao abrir esta página, carrego algumas variáveis. Até ai tudo tranquilo. Supondo que eu abra um sistema A, com isso será aberta uma nova janela e esta carregará suas respectivas informações. Continua sem nenhum problema. Caso eu necessite abrir outro sistema (B) a partir da mesma página do portal, também abre normalmente, só que a partir daí informações dos 2 sistemas começam a se misturar gerando muitos problemas.
Gostaria se alguem tiver uma solução para isso coloca ai. :D.
Uma pergunta direta seria, teria como criar seções separadas para cada sistema? Sem perder as informações utilizadas na página do portal?
Tenho pesquisado e não acho informações sobre isso.
Grato

Se entendi correto, todos os sistemas: portal, A e B, estão na mesma aplicação, ou seja, têm um mesmo WEB-INF.

Se esse for o caso, uma solução é criar uma aplicação para cada sistema, fazendo com que cada um tenha seu próprio WEB-INF e seu próprio controle de sessão.

É esse o caso ?