Bem, sobre o Java se tornar Open Source, há um inegável lado ótimo e um sombrio lado ruim (redundante né?).
O lado ruim, que eu consigo ver, não é só uma fragmentação do Java, inicialmente ela vai ocorrer, mas se a passagem para o Open Source for bem feita, ela tende a reduzir. Não vai chegar a haver incompatibilidade entre versões, porque a esperada fragmentação inicial vai ocorrer porque muitos na comunidade Open Source vão fuçar a máquina virtual com a tendência de melhorá-la. Mas para tal aperfeiçoamento, não vão se inibir em integrá-la demais a um SO específico, o que vai gerar as incompatibilidades. Mas com o tempo (e não muito, acredito), as atenções vão se focar em torno de algumas máquinas virtuais, mantidas por instituições mais sérias, que por isso mesmo serão compatíveis entre si.
Mas um outro problema da máquina virtual Open Source, é a presença de aproveitadores que vão fazer a máquina virtual sem segurança, e tentar divulgá-la a pobres e leigos usuários como “Baixe aqui um Java mais rápido” ou coisa parecida. Quando as pessoas tiverem dados ou mais roubados, vão reclamar do Java, a Sun vai dizer que isso ocorreu porque alguém fez uma máquina insegura, aproveitando do fato de ela ser Open Source, e aí, talvez manchar a imagem do Java. A descoberta de bugs na JVM também vai manchar a imagem do Java.
Mas acredito também em um lado bom. O Java é o software fechado com maior tendência a se tornar livre, e quando isso acontecer, vai atrair a atenção de muita gente da comunidade. A partir daí, a tendência é haver um Java mais rápido na hora de executar (acredite, essa é a maior reclamação que ouço sobre Java, e um dos dois maiores pontos a favor do .NET), mais seguro, etc.
Vai haver também um esvaziamento do Mono, e uma redução das vantagens do .NET sobre o Java, a ponto do Java ganhar definitivamente.
Mas para tudo isso acontecer, tem que haver um excelente planejamento na abertura, do contrário… Vai ser normal no futuro alguns malucos rodando o Java de forma super rápida, mas incompatíveis com todo o resto, mas vai ser coisa isolada. Acredito que com um trabalho bem feito, Java aproveite o melhor do novo mundo.