Galera,
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Fiz o delpoyment de uma aplicação utilizando Java Web Start. Minha aplicação funfa legal no windows, mas no Linux, ele só funfa se o usuário que a executar for root. 
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Estranho é que essa aplicação grava um arquivo .properties no diretorio do usuário corrente, e minha aplicação precisa desse arquivo para rodar. 
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Quando no Linux estou como usuário normal , chega a gravar o arquivo mas dá pau na hora de executar a aplicação. Já como root ela roda beleza!!! 
Esse problema pode ter alguma coisa a ver com:
<security>
    <all-permissions/>
  </security>Desde já agradeço a ajuda.